ワールドカップ出場！

素人目に見ても今日のオーストラリア戦はすごかった
浅野選手の１点目の動きが素晴らしかった！
完璧なタイミングの飛び出しってああいう動きのことを言うのか...!! と思いました。

井手口選手の２点目はすいません、ダメかも？と思った瞬間のゴールだったので驚きました。
松木さんといっしょに思わず叫んでしまった 笑

日本、６大会連続のＷ杯出場決定！浅野＆井手口弾で豪州からＷ杯予選初勝利
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170831-00000566-sanspo-socc

わたしは高校時代テニス部だったので、テニスもよく見ます。
全米オープンに錦織選手が欠場...ということで残念...と思っていたのですが
大坂選手がすごいことをやってくれました！
なんと前年度のディフェンディングチャンピオンを破る金星！

これに負けじと杉田祐一選手やダニエル太郎選手にもがんばってほしいなー

大坂なおみは女王後継者　世界のファンから称賛の声殺到「ベイビー・セリーナね」
https://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20170831-00010005-theanswer-spo

ウィンブルドンでもビーナスと対戦がありましたし、この人は大物になる（と言っておけば俺はわかってたぞとドヤ顏できるかも...なんて）

大学院進学、博士号をとってよかったこと。

少し時期が外れてるかもしれないけど、

大学院進学、とくに博士課程進学のことについて。

大学院をやめました とか

博士にまでなったのに､なぜ報われないのか

いろいろネガティブな意見が出てくる
というか博士課程のサジェストが　やめたい　ってどういうことよ笑

だけど、自分としては博士号をとってよかったと思うことはある。
その理由を書こうと思う。

よかったことその1. 博士号を持っているということで大学の先生、企業からの目が変わる。

とくに研究職を目指す人にとっては大きな違いではないかと思います。
修士号を持っているときに会社勤めをしたことがないので実際にどのくらい違うかと言われると謝る用意はありますが...

さて、そもそも博士号という人はどういう人のことでしょうか？

論文が読めること？実験ができること？
わたしは「課題解決能力」だと思っています。
つまり、
いまある「課題」はなんなのか
それを「解決」するにはどうすればよいのか
それを実行できる「能力」
ということです。

価値ある博士号取得者に必要なのは「問題解決力」以上
大隅典子先生がすでに同じことを述べてらっしゃいました。

博士号を持っている人というのは、「課題解決能力」がある人のこと（と世間からは思われている）
これはどんなところに行っても共通して活かせる能力です。
そこが評価される部分と思います。

よかったことその2. 自分の興味ある分野だけじゃなくていろんなことに対しての視野が広がる

これは博士号をとりたいと思う人に持っておいて欲しい気質というか少しずつこうなっていったというか...

学士1年 + 修士2年 + 博士3年 = 計6年
も大学にいたら、学内のセミナーで発表する機会や分野が少し違う人や全然違う人の発表を聞く機会があったり、
いろいろな学会に行く機会があると思います。

セミナーや学会に行って話を聞くと、ヒト（あるいはマウス、ショウジョウバエ、微生物）にしか興味なかったけど、ほかの生物や分野もおもしろいじゃん！ということになります。

そういう考えになったのは、やはり大学院に在籍して、勉強したからです。

勉強していくと「自分が知っている範囲、知らない範囲」がわかるのと
知らない範囲のことを知っていくのがおもしろいんです。

そういう「知る喜び」を知れたことはとてもよいことだと思っています。

16S rRNA遺伝子解析とは...？

16S rRNA遺伝子による微生物の解析が最近（でもないかもしれないけど）けっこう流行です。

今日はそのことについて少し書きます。

自分が思う流行になった要因として、

1. 次世代シーケンスの登場によりデータ取得にかかる時間とコストが(主にサンガーシーケンスと比較して)大幅に減った（いまも減り続けている）こと

2. PCの性能向上、クラウドサービスの発展にともなってNGSで取得するような大きなデータセットであっても解析が比較的容易にできるようになったこと

3. 腸内細菌ブームがきていて腸内細菌（ヒト、マウスその他）を解析したいという研究者が増えてきたこと

パッと思いつく要因というとこの辺りがあげられると思います。

腸内細菌のことをあげましたが、その他たとえば口腔、皮膚、水、土壌、その他環境資料なんでもに対して適用可能なのでそういう意味でも流行になっていると思います。

さて1番目にあげた次世代シーケンスのデータ取得ですが、これは本当に安くなったと思います。なにも次世代シーケンスの機械を買う必要はなくて、ちょっと検索すれば、受託してくれる企業はいくらでもあります。

頼む企業にもよるでしょうが、１サンプルで 〜数万円というところでしょうか。（コストの話についてはまた今度書きます）

例えば薬剤処理群とコントロール群のN = 3 、6サンプルで腸内細菌調べるとかなら30万円くらいでしょう。

2番目にあげた解析についてはここが問題になることが多いかなと思います。

もしどこかの受託企業にシーケンスを依頼していたとしたら、いくらか追加料金を払えばデータ解析を（基本的なものについて）やってくれるでしょう。

ただ本当に基本的なものに限っての話と思いますし、解析結果についてパラメーター変えて…やらデータベースを変えて…とかとなると難しいです。（対応してくれるところもあるかもしれませんが）

やはり発展的な解析となると自分自身で解析環境を整えた方がなにかと便利なことが多いです。

16S rRNA解析はけっこう昔から行われているものなので、解析ツールは豊富に揃っています。

いろいろツールはありますが、QIIMEが一通りのことができるので便利だと思っています。

QIIME: Quantitative Insights Into Microbial Ecology.

http://qiime.org/

QIIME のインストールは Macであれば比較的簡単に導入できますし、大きなデータセットでなければMacbook Airレベルでも動きます（たぶん）

インストールの方法や解析のやり方については追々記事を書いていきます。

3番目の腸内細菌ブームについては実際のところどうでしょうか。

たしかにブームではありますが、見ていると

腸のなかで細菌の影響が全身、脳の状態にまで影響するの？

と思うわけです。

理由はぼんやりとあるんですが、

かつてのヒトゲノムに対する期待、いまなら人工知能に対する期待と同じようにならないか？と思っています。

すごく期待値が大きくなったけど、思ったほどの成果がでなくて、、、みたいな

社会に対する還元としての成果がどうなるかは不明ですが、研究そのものが盛り上がることはいいことじゃないかなと思ってます。

蛇足になりますけど、いつまで「次世代」シーケンスと呼ばれるのでしょうね？

最初の次世代シーケンスといえば 454シーケンサーですが、登場が2005年です（もう10年以上経つんですね）

ほかのタイプのシーケンサーがいくつも出ていて、もとになっているテクノロジーも多岐にわたっているのに、ずっとNext Generation Sequencer (Sequencing)のまんま。

NGS現場の会の人たちは別の名称を考案していたりするのでしょうか。

たまに論文とかだと、(Ultra) Highthroughput Sequencer とかMassive Parallel Sequencerとかの名称を使っていたりしますけど。

はじめに

はじめまして。
北国の自称バイオインフォマティシャンです。

このブログでは、自称バイオインフォマティシャンが解析ソフトウェアや論文、統計学（主にR）についての備忘録、メモのシェア用にしたいと思います。
あとは大学院のこととか。
とくに解析ソフトやRで困りごとがあったら積極的に記事にして役に立てるようにしていきたい。

簡単にプロフィールを。
某大学の微生物系ラボで16S rRNA系統解析で博士号を取得。
就職し、バイオインフォマティクス系の仕事に従事。
ふと思い立ちブログをはじめることにする。（備忘録的な意味が強いですが。