早速２回目にして、筋トレした日に更新できていない 笑
き、筋トレ自体は続けてるから（震え声）
10/17
レッグエクステンション 30kg 10回 36kg 10回
レッグカール 36kg 30回
チェストプレス 35kg 40回
腹筋 30回
5kg バーベルカール（？）左右それぞれ45回
5kg リストカール 左右それぞれ40回
10/22
テニス ３時間
もうちょっと週２、３日くらいまで増やしたいかも。。。
10/25 体重・体脂肪率の記録
71.1kg 20.4%
2017年10月23日月曜日
QIIMEインストールのやり方
今回はQIIMEのインストール方法について書きます。
QIIMEってなあに？というと
微生物群集解析用のプログラムのことです。
次世代シーケンスで取得した配列データを処理して、どの微生物がどれくらいいるかとかサンプル同士の比較をすることができます
http://qiime.org/
QIIMEのインストール方法としてはいくつかあるのですが、
1. Macに導入する方法（macqiime）← おそらくこれが一番楽
2. WindowsにVirtual Boxを導入、環境設定を行ないインストールする方法
3. Linuxサーバーにインストールする方法
があります。
あとは自分のPCにインストールするというわけではありませんが、Amazon Web Service上でQIIMEを使用することが可能です。
http://qiime.org/tutorials/working_with_aws.html
いまいち料金のことを理解していないのだけど、基本的には借りるサーバーのスペックとCPU使用時間によって決まるもの... とは思います
わたしはmacユーザーなので私が解説できるのは、1.2.3 ...のうち1だけです笑
2. 3 の方法についてはわからないので...
まず自分の環境から。
macOS Sierra バージョン 10.12.6
Macbook Pro (13-inch, 2016, Two Thunderbolt 3 ports)
プロセッサ 2 GHz Intel Core i5
2. 3 の方法についてはわからないので...
まず自分の環境から。
macOS Sierra バージョン 10.12.6
Macbook Pro (13-inch, 2016, Two Thunderbolt 3 ports)
プロセッサ 2 GHz Intel Core i5
メモリ 8 GB 1867 MHz LPDDR3グラフィックス Intel Iris Graphics 540 1536 MB
導入するのは2017年10月時点で最新バージョンである 1.9.1です。
1. Macに導入する方法
まずXcodeをインストールします。
App Store -> Xcode で Xcodeをインストールします
つぎにQIIMEのホームページからファイルをダウンロードします
http://www.wernerlab.org/software/macqiime のDownloadから落とせます
ターミナルを起動します（Launchpad -> その他 に入ってます）
cd Downloads/
のコマンドでダウンロードしたQIIMEの tgzファイルが保存してあるフォルダに移動します（通常だとダウンロードフォルダ)
＊ MacQIIME あたりまで入力して tabキー押すと、ファイル名が補完されます
MD5（エムディーファイブ、Message Digest Algorithm 5）とは、与えられた入力に対して128ビットのハッシュ値を出力するハッシュ関数である。（Wikipediaより）
要はファイルが破損していないことを確認するための手段です
導入するのは2017年10月時点で最新バージョンである 1.9.1です。
1. Macに導入する方法
まずXcodeをインストールします。
App Store -> Xcode で Xcodeをインストールします
つぎにQIIMEのホームページからファイルをダウンロードします
http://www.wernerlab.org/software/macqiime のDownloadから落とせます
ターミナルを起動します（Launchpad -> その他 に入ってます）
cd Downloads/
のコマンドでダウンロードしたQIIMEの tgzファイルが保存してあるフォルダに移動します（通常だとダウンロードフォルダ)
md5 MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
のコマンドでファイルの確認をします。＊ MacQIIME あたりまで入力して tabキー押すと、ファイル名が補完されます
MD5（エムディーファイブ、Message Digest Algorithm 5）とは、与えられた入力に対して128ビットのハッシュ値を出力するハッシュ関数である。（Wikipediaより）
要はファイルが破損していないことを確認するための手段です
ダウンロードのページに製作者が計算したMD5値があるので、違いがないか確認しましょう
つぎに
tar -xvf MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
のコマンドをうち、tgzファイルを解凍します
なにやらいろいろとファイルのリストが出力されます
※ tar: 未知の拡張ヘッダキーワード `SCHILY.dev' を無視 というエラーが出ていますが
無視して構いません
しばらくして操作できるようになったら、
フォルダのなかに install.s というファイルがあるのでこれを
./install.s
のコマンドで実行します
するとパスワードを聞かれます
入力しても特に表示が出ないので一瞬ビックリすると思いますが入力はされています
管理者のパスワードを入れましょう
しばらくするといろいろと表示が出て、スクリプトが終了します
通常であれば、ここで "macqiime" とコマンドを打つと、QIIMEが起動します
OS 10. 11 (El capitan) 以降の mac OS では少しセキュリティ上の仕様が変わっていて
/User/bin フォルダへのインストールができなくなっています
そこで、
sudo cp scripts/macqiime /usr/local/bin/macqiime
sudo chmod a+x /usr/local/bin/macqiime
のコマンドでコピーし、アクセス権を変更します
そうすると macqiime のコマンドでQIIMEが起動します
起動するとこんな感じの画面になります
動作確認をするために、 解析スクリプトのヘルプを表示することと、QIIMEの環境設定を表示することをやってみましょう
align_seq.py -h
とコマンドを打つと、配列のアライメントを行うためのスクリプトのヘルプが出力されます。
＊ほかのスクリプトでも -h の引数をつけてコマンドを打つと、ヘルプが出力されます
ほかには、QIIMEの環境設定（プログラムのインストールの有無、バージョン）を出力するスクリプトもあります
print_qiime_config.py
とコマンドを打つと、環境設定が出力されます。
＊プログラムが動かないときなんかはこの結果があると原因がわかりやすいです
ここまでの画面が出力できたら、QIIMEのインストールは大丈夫...なはずです
プラスアルファでインストールできるプログラムはいろいろとありますが
基本的な解析をするには問題ないはずです
ただ。。。ここまで書いておいてアレですが
QIIMEっていまバージョン２へのアップデート中なんですよね、、、
つぎのQIIMEの解析についての記事書かないうちにバージョン２のインストールの記事書くなんてことないようにしないと。。。
つぎに
tar -xvf MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
のコマンドをうち、tgzファイルを解凍します
なにやらいろいろとファイルのリストが出力されます
※ tar: 未知の拡張ヘッダキーワード `SCHILY.dev' を無視 というエラーが出ていますが
無視して構いません
しばらくして操作できるようになったら、
cd MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7
とコマンドをうち、MacQIIME_ ~ のフォルダに移動しますフォルダのなかに install.s というファイルがあるのでこれを
./install.s
のコマンドで実行します
するとパスワードを聞かれます
入力しても特に表示が出ないので一瞬ビックリすると思いますが入力はされています
管理者のパスワードを入れましょう
しばらくするといろいろと表示が出て、スクリプトが終了します
通常であれば、ここで "macqiime" とコマンドを打つと、QIIMEが起動します
OS 10. 11 (El capitan) 以降の mac OS では少しセキュリティ上の仕様が変わっていて
/User/bin フォルダへのインストールができなくなっています
そこで、
sudo cp scripts/macqiime /usr/local/bin/macqiime
sudo chmod a+x /usr/local/bin/macqiime
のコマンドでコピーし、アクセス権を変更します
そうすると macqiime のコマンドでQIIMEが起動します
起動するとこんな感じの画面になります
動作確認をするために、 解析スクリプトのヘルプを表示することと、QIIMEの環境設定を表示することをやってみましょう
align_seq.py -h
とコマンドを打つと、配列のアライメントを行うためのスクリプトのヘルプが出力されます。
＊ほかのスクリプトでも -h の引数をつけてコマンドを打つと、ヘルプが出力されます
ほかには、QIIMEの環境設定（プログラムのインストールの有無、バージョン）を出力するスクリプトもあります
print_qiime_config.py
とコマンドを打つと、環境設定が出力されます。
＊プログラムが動かないときなんかはこの結果があると原因がわかりやすいです
ここまでの画面が出力できたら、QIIMEのインストールは大丈夫...なはずです
プラスアルファでインストールできるプログラムはいろいろとありますが
基本的な解析をするには問題ないはずです
ただ。。。ここまで書いておいてアレですが
QIIMEっていまバージョン２へのアップデート中なんですよね、、、
つぎのQIIMEの解析についての記事書かないうちにバージョン２のインストールの記事書くなんてことないようにしないと。。。
2017年10月12日木曜日
筋トレはじめました
ちょっとおもうところがあって筋トレを始めました。
理由としては
大学院に入ってから（というか大学の部活をやめてから）体重がかなり増えてること
最近出た健康診断の数値が悪くなってきたこと
要は運動不足で体がやべーことになってきてるから本格的にやばくなる前に対策をしておこう！ということです
（仕事柄、座っていることも多いですから）
で、なぜわざわざブログに書いているかというと
単純に筋トレやった履歴や体重等を記録しておきたいから
言語化することによっていい面悪い面などに気づけるから
同じように筋トレしてる人と情報交換したいから
ここで宣言することによって退路を断ちたいから
という狙いがあります
１週間ほどやってみて気づいたこととしては
時間があったら行く、くらいだと行かない
時間が空いたら...とかだと行かない。
時間を決めてそこまでに仕事を終わらせるようにする。
もし終わらないなら仕事をそこで切り上げる
時間が短くても意外と汗はかくもの
単純に体力が落ちたからという説もありますが... 30分とかでも汗はかくし
やはり運動すると気持ちがスッキリします
というわけで今日から正式に筋トレを始めることを宣言します
10/12 (木) の記録
72.9 kg 体脂肪率 23.5 %
2017年10月1日日曜日
博士号を取るということはどういうことか
最近、社会人になってから大学院に入って博士号を取ろうという人、取ったという人によく会います。
自分自身もそうですけど、
博士号を取るというのはどういうことか？どういう人に与えられるのか？
と考えることが多かったです。
そういうときに出会ったのが以下の記事
The illustrated guide to a Ph.D.
http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures/
簡単に紹介すると、
まずなにか紙でもなんでも丸をかきます
この丸は全人類は持つ知識の範囲です
それで小学校、中学校を卒業するとその知識が青い部分まで少し広がります
高校を卒業する頃にはさらに知識が緑色の部分まで広がります
大学を卒業して学士の学位を得ると知識がピンクの部分まで広がり、
専門的な勉強もするので、専門性も深くなって少し人類の知識範囲の限界に近づきます
修士の学位を得る頃にはさらに専門性を深めて、赤色の部分まで知識が到達します。
その後、研究論文を読んでいくと、人類の知識の果てに辿り着きます。
でその境界を拡大するとこんな感じになる
研究を数年続けていくと、ある日、その境界を広げることができます
このポコっと突き出たところ、それをPh.D (博士号) といいます
人類の知識の範囲は少し大きくなりました
ずっと広げ続けることを忘れてはいけません
この話で重要だと思うのは、
知識の境界をちゃんと知って、そこを広げるような研究テーマを自分で設定するということ
また博士課程では、そういうことが出来るようになることが目標ということ
研究でわかったことの成果の大小は博士号とは関係ないということ
かなと。
よく言われることだと思うけれど、博士号って車の免許を取ったくらいだと思うんですよ
研究のやり方とかを覚えて、自分でできるくらいのイメージ
だからアカデミアにしても、民間に就職するにしても、博士のときのテーマと似た分野にこだわる必要はないし
だからこそ新しい場所や他の分野とかに行ったときでも通用するようなスキルが必要になります
指導教官とかにテーマを与えられて、黙々と実験して、言われるまま論文書いて卒業とかだと後が続かなくてつらいだろうなぁ... と思うわけで
逆に言うと、勉強のやり方をしっかりしておけば
多少分野が違うところに行って、新しいことを始めるときでもなんとかなるんじゃないかと思うわけです
自分自身もそうですけど、
博士号を取るというのはどういうことか？どういう人に与えられるのか？
と考えることが多かったです。
そういうときに出会ったのが以下の記事
The illustrated guide to a Ph.D.
http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures/
簡単に紹介すると、
まずなにか紙でもなんでも丸をかきます
この丸は全人類は持つ知識の範囲です
それで小学校、中学校を卒業するとその知識が青い部分まで少し広がります
高校を卒業する頃にはさらに知識が緑色の部分まで広がります
大学を卒業して学士の学位を得ると知識がピンクの部分まで広がり、
専門的な勉強もするので、専門性も深くなって少し人類の知識範囲の限界に近づきます
修士の学位を得る頃にはさらに専門性を深めて、赤色の部分まで知識が到達します。
その後、研究論文を読んでいくと、人類の知識の果てに辿り着きます。
でその境界を拡大するとこんな感じになる
研究を数年続けていくと、ある日、その境界を広げることができます
このポコっと突き出たところ、それをPh.D (博士号) といいます
人類の知識の範囲は少し大きくなりました
ずっと広げ続けることを忘れてはいけません
この話で重要だと思うのは、
知識の境界をちゃんと知って、そこを広げるような研究テーマを自分で設定するということ
また博士課程では、そういうことが出来るようになることが目標ということ
研究でわかったことの成果の大小は博士号とは関係ないということ
かなと。
よく言われることだと思うけれど、博士号って車の免許を取ったくらいだと思うんですよ
研究のやり方とかを覚えて、自分でできるくらいのイメージ
だからアカデミアにしても、民間に就職するにしても、博士のときのテーマと似た分野にこだわる必要はないし
だからこそ新しい場所や他の分野とかに行ったときでも通用するようなスキルが必要になります
指導教官とかにテーマを与えられて、黙々と実験して、言われるまま論文書いて卒業とかだと後が続かなくてつらいだろうなぁ... と思うわけで
逆に言うと、勉強のやり方をしっかりしておけば
多少分野が違うところに行って、新しいことを始めるときでもなんとかなるんじゃないかと思うわけです
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