QIIMEインストールのやり方

今回はQIIMEのインストール方法について書きます。

QIIMEってなあに？というと

微生物群集解析用のプログラムのことです。

次世代シーケンスで取得した配列データを処理して、どの微生物がどれくらいいるかとかサンプル同士の比較をすることができます

Quantitative Insights Into Microbial Ecology.

http://qiime.org/

QIIMEのインストール方法としてはいくつかあるのですが、

1. Macに導入する方法（macqiime）← おそらくこれが一番楽

2. WindowsにVirtual Boxを導入、環境設定を行ないインストールする方法

3. Linuxサーバーにインストールする方法

があります。

あとは自分のPCにインストールするというわけではありませんが、Amazon Web Service上でQIIMEを使用することが可能です。

Working with QIIME on Amazon Web Services EC2 

http://qiime.org/tutorials/working_with_aws.html

いまいち料金のことを理解していないのだけど、基本的には借りるサーバーのスペックとCPU使用時間によって決まるもの... とは思います

わたしはmacユーザーなので私が解説できるのは、1.2.3 ...のうち1だけです笑
2. 3 の方法についてはわからないので...

まず自分の環境から。

macOS Sierra バージョン 10.12.6
Macbook Pro (13-inch, 2016, Two Thunderbolt 3 ports)
プロセッサ　2 GHz Intel Core i5

メモリ　8 GB 1867 MHz LPDDR3グラフィックス　Intel Iris Graphics 540 1536 MB

導入するのは2017年10月時点で最新バージョンである 1.9.1です。

1. Macに導入する方法

まずXcodeをインストールします。
App Store -> Xcode で Xcodeをインストールします

つぎにQIIMEのホームページからファイルをダウンロードします
http://www.wernerlab.org/software/macqiime のDownloadから落とせます

ターミナルを起動します（Launchpad -> その他 に入ってます）
cd Downloads/
のコマンドでダウンロードしたQIIMEの tgzファイルが保存してあるフォルダに移動します（通常だとダウンロードフォルダ)

md5 MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz

のコマンドでファイルの確認をします。
＊ MacQIIME あたりまで入力して tabキー押すと、ファイル名が補完されます

MD5（エムディーファイブ、Message Digest Algorithm 5）とは、与えられた入力に対して128ビットのハッシュ値を出力するハッシュ関数である。（Wikipediaより）

要はファイルが破損していないことを確認するための手段です

ダウンロードのページに製作者が計算したMD5値があるので、違いがないか確認しましょう

つぎに
tar -xvf MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
のコマンドをうち、tgzファイルを解凍します
なにやらいろいろとファイルのリストが出力されます

※ tar: 未知の拡張ヘッダキーワード `SCHILY.dev' を無視　というエラーが出ていますが
　 無視して構いません

しばらくして操作できるようになったら、

cd MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7

とコマンドをうち、MacQIIME_ ~ のフォルダに移動します
フォルダのなかに install.s というファイルがあるのでこれを
./install.s
のコマンドで実行します

するとパスワードを聞かれます
入力しても特に表示が出ないので一瞬ビックリすると思いますが入力はされています
管理者のパスワードを入れましょう

しばらくするといろいろと表示が出て、スクリプトが終了します
通常であれば、ここで "macqiime" とコマンドを打つと、QIIMEが起動します

OS 10. 11 (El capitan) 以降の mac OS では少しセキュリティ上の仕様が変わっていて
/User/bin フォルダへのインストールができなくなっています
そこで、
sudo cp scripts/macqiime /usr/local/bin/macqiime
sudo chmod a+x /usr/local/bin/macqiime 
のコマンドでコピーし、アクセス権を変更します
そうすると macqiime のコマンドでQIIMEが起動します

起動するとこんな感じの画面になります

動作確認をするために、 解析スクリプトのヘルプを表示することと、QIIMEの環境設定を表示することをやってみましょう

align_seq.py -h
とコマンドを打つと、配列のアライメントを行うためのスクリプトのヘルプが出力されます。
＊ほかのスクリプトでも -h の引数をつけてコマンドを打つと、ヘルプが出力されます

ほかには、QIIMEの環境設定（プログラムのインストールの有無、バージョン）を出力するスクリプトもあります
print_qiime_config.py
とコマンドを打つと、環境設定が出力されます。
＊プログラムが動かないときなんかはこの結果があると原因がわかりやすいです

ここまでの画面が出力できたら、QIIMEのインストールは大丈夫...なはずです
プラスアルファでインストールできるプログラムはいろいろとありますが
基本的な解析をするには問題ないはずです

ただ。。。ここまで書いておいてアレですが
QIIMEっていまバージョン２へのアップデート中なんですよね、、、
つぎのQIIMEの解析についての記事書かないうちにバージョン２のインストールの記事書くなんてことないようにしないと。。。