ブログ移転しました。

ブログをWordPressで作ったサイトに移転しました。

Rとバイオインフォマティクス
http://foxbioinformatics.s1007.xrea.com/wp/

Bloggerは使いやすくてよいとは思っていたのですが
・微妙にかゆいところに手が届かない感じ
・cssをいじってみたい
・WordPressの使い方も勉強してみたい

ということで移行してみました。

マンガでわかるDocker【読んだ本の感想】

技術書典（のときに公開された）マンガでわかるDockerを読んだので感想などを。

マンガでわかるDocker
https://llminatoll.booth.pm/items/825879
https://llminatoll.booth.pm/items/1036317

少し仕事でdockerは使っていた程度で、

dockerってなに？

ってレベルからスタートだったわけです

そうしたら、わかばちゃんと学ぶGit使い方入門を書いた人がDockerの本を書くということを知り、ダウンロード購入しました。

1と２の２冊があって、
1では
バイト先でDockerを使うことになったわかばちゃん
しかし、Dockerがわからないので、PHPさんに教えてもらいながら
Dockerの基本的な操作を覚えていく

2では
Dockerを使うことのメリット
Dockerfileを作って、自分好みのイメージを作るようにする
Docker Hubで自作のイメージを公開できる
というあたりを学ぶことができます。

Dockerの本を読んでいての感想としては、
１つ１つ実際にコマンド打ちながら進められるので進めやすいというところと
あれ？ここは...？みたいなところを説明してくれる構成のわかりやすさがポイントかなと思います
これからDockerを使ってみたい！という人にはわかりやすくてオススメかと！
 
Docker自体の利点としては
Dockerイメージをpull, create, startで簡単に作れる、rmで停止、削除できる
なので、環境構築が簡単にでき、いろいろなバージョンを使うことができる

またローカル環境も汚染しないというメリットがあります
ほかのプログラム（Javaとか） との依存関係があったり、
なんだかんだやってインストールできませんでしたみたいなことがあったりするので
そこらへんもお手軽にできるのはメリットだなと思いました

バイオインフォマティクス関連でいえば、
BioContainersというdocker imageを作っているプロジェクトなんかもあります
http://biocontainers.pro/

リストをみると、おおよそ主要なツールは揃っていそうな感じ
Dockerfileを作れば、これらをもとにして自分の解析環境を作れるのかなと思いました。

まずはQIIME2とプラスアルファのツールをDockerで構築して、公開するところを目指します

わかばちゃんと学ぶGit使い方入門【読んだ本の感想】

GitはProgateで学んだことは学んだけど（完全に理解した）
もう少し実践的というか実際のところというかそういうあたりも含めて学んでおきたいと思ったのと
困ったときや、アレこれは...？と思ったときに見返せる本が手元に１冊欲しかったので本屋でGitに関する本を探してました、というときに見つけたのがこの本

パラパラと読んでみて、わかりやすそう

と思ったので購入。

話としては
わかばちゃんが真央ゼミ Web研に入って、
自分のwebサイトの編集をしようとしたら、バックアップがどれだかわかんなくなって、
 じゃあGit使おうぜ？っていうところからスタート


基礎的なことからはじまって、だんだん応用的なところに行くけど、おおまかには
・Gitとそれを使うためのツールのインストール
・レポジトリの作成
・Githubの使い方（マージやプルリクエストなど）
・Bitbucketの使い方
・実用Git
があります。

実際にテキストを編集して、Githubにプルリクエストを送るところまでが学べるところがマル
Gitの基礎的なところに集中して書いているので、詳しい人には少し物足りないかも知れませんが
これからGitを勉強したい！と言う人にはオススメです！

1440分の使い方-成功者たちの時間管理 15の秘訣【読んだ本の感想】

1440とはなんのことでしょう？
1日は24時間、つまり1440分
これはどんなひとにも平等、同じように与えられているもの。
どんなお金持ちの人も貧乏な人も
高学歴の人も高校に行けなかった人も
スポーツができる人もそうでない人も
みんな1日は1440分である。

それなのにみんな無駄にしてませんか？
というか本の著者であるケビン・クルーズ氏がかつてそうだった...

本の最初のエピソードは
高速道路でボーッとしながら130km/hで運転していて捕まった...という話
なんとも恐ろしい話ではありますが
その頃の著者は...
朝５時に家を出て、深夜まで働く、まともな食事はほとんど摂らない...レッドブルはがぶ飲みしていて（たぶんカフェイン中毒なんでしょうね）
ボーッとしすぎて、ガソリンスタンドでノズルを抜き忘れたまま車を発進...
よく死んでないなこの人は...と思いました（笑）

さすがにこれはマズイと気づいた著者
周りの人に時間管理の方法を聞き、研究に資金提供し、それから何百人ものの成功した人に取材をしました。
それらの秘訣についてこの本では解説しています。

ただいきなり全部を実行するなんて恐らく無理だろう…と思います
(原因が自分自身にあるにせよ、組織や他の人にあるにせよ)
なのでとりあえずは自分のできること、大事だと思うことから始めたらいいと思っています

そして15個を全部書くことは面倒でできないので自分が実行しているものをいくつか

今日やるべき「最も重要なタスク」を決める
なにに専念すべきか、どうやってそれをやり遂げるか
目標はなるべく具体的に、評価できるように
例えば
×　お金を貯める
○　年末までに5000ドル貯める

これをやれば自分がやるべきことを見失わずに済む。
どっと仕事が舞い込んできても、 それは最も重要とは限らない。

ToDoリストをやめて、スケジュールを立てるようにする
ToDoリストの問題点は
時間がかかるものが混在している
重要なものより急ぎのものに飛びつきやすくなる
不必要なストレスを生む

個人的にこれがいちばんしっくりきました。
・ToDoリストの簡単なやつから手をつける
・ToDoリスト自体がストレスになる
まさにその通り。

大事なことがあったら、あらかじめスケジュールに組み込んでおく。
とりあえず２時間はあることにブロックして、進めるようにしてみている
時間があったら、このプロジェクトを進めようは、永遠に終わらない仕事に忙殺されることになって、ずっと進まない。

一度しか触らない
５分以下で終わるタスクはその場で対処する
同じことを何度も繰り返さない

メールを開いて読んだあとにしばらくして返事を書くという人は多いのではないでしょうか（自分もわりとそう）
すぐ済む用件ならその場でやった方がいいのに、こっちの仕事が...といって後回しにする。
重要なタスクをやろう、と矛盾しているようだけど、重要なタスクやってる途中ならメールは見ちゃいけない。
メールも無限に入ってくるので、時間を決めて処理しよう。
すぐ済む話なら、さっさとやって終わらせてしまおう。もう１度読む方が手間。

朝の習慣を変える
朝少し早く起きて、軽い運動や勉強などをしておく

逆にこれは全面的に賛成はできないかなと思ってます
人によっては朝に起きられないという人もいるわけですから
ただ少し早く起きて、朝から軽く運動したり、勉強したりというのは賛成

最近は６時くらいに起きて、少し筋トレをして、プロテイン入りのスムージーで朝ごはんにしています
その効果かはわからないけど体のダルさみたいなのはなくなってきた気がします（意外とスムージーって腹持ちいい）


他にも会議やアポイントメントに対してのいろいろな人の考え方などが書かれています。
自分の人生は自分の時間なので、他の大事でないことで時間を割かれてはいけない。
と強く思ったのでした。
（そして他人の時間は無駄にはしてはいけない...とも）

LIFE SHIFT 100年時代の人生戦略と大学院教育のこれから。

LIFE SHIFT 100年時代の人生戦略と大学院教育について考えてみる
おおざっぱな自分の考えをまとめただけなので批判、コメント大歓迎

まずLIFE SHIFTという書籍をものすごくおおざっぱにまとめると
日本人の平均寿命が８０歳を突破し、おそらくこれからも平均寿命が伸びていく。
（程度の差はあるとしても他の国でも同様の傾向）
そうすると、多くの人が１００歳近くまで生きるようになる。
そうなったときに人生の生き方はどうする？政府の対策は？企業は？教育は？
というあたりがテーマ

キャリアは個人差がすごく大きいものなので一般化はできないけどモデルとして考えると有用なので、生まれた年の違う３人が出てきます。
1945年生まれのジャック、1971年生まれのジミー、1998年生まれのジェーン

1945年生まれのジャックは教育、仕事、引退という３ステージのライフスタイルを過ごすことができますが、
1971年生まれのジミーは３ステージが軋みだして、3.5あるいは4.0ステージを過ごすことを考え、
1998年生まれのジェーンは4.0あるいは5.0ステージを過ごすことを考える...

なぜ3.5, 4.0, 5.0ステージという話が出てくるかと言うと、
６５歳で引退し、100歳までの35年間を公的年金や個人の貯蓄で賄うなんてことは不可能に近いから。
（このあたりは日本特有の話ではなく、少子高齢化・長寿命化すれば必然な話）

じゃあどうするか？
というとこの本では3.5あるいは4.0、5.0ステージの生き方を提案しています。
またものすごくざっくり言ってしまえば
年齢に関係なく、 教育を受けたり、会社や働き方を変える
ということ

そうなるといろいろなところで変化が起きます。
たとえば働く人自身、教育機関、政府、企業、教育、キャリア、結婚、子育て...etc.etc.
いわゆる「正しい」とか「手本」みたいなキャリアが成り立たなくなる。
...とここまであたりが本の要旨

いろいろ変化があるこんな時代でどうなるかはよくわからないですが
教育方面でどのようになっていくか、どういう方向になっていくかを少し考えてみたいと思います。 

まず第１に、再教育の必要性について
これは間違い無く、必要だと思います。
理由はテクノロジーの進歩があまりにも速くて、大学卒業時の知識だけでは、４０〜５０年近くの仕事をこなすことができないからです。

ところが...... あまり再教育というか勉強をしようという人は多くないらしく

企業が博士を採用したがらない理由
https://news.yahoo.co.jp/byline/joshigeyuki/20180824-00094289/
実際、「自分の仕事は自分の学歴や資格に見合わないレベルのものだ」と考える日本人は、先進国中トップレベルの水準に上るとする調査もあります。日本人は「仕事で使わないんだからこれ以上勉強する必要はないだろう」と冷静に判断出来ているとも言えるでしょう。
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なにを言ってるの？というような状態であったり、

リカレント教育「意欲あり」36％余にとどまる  
 https://www3.nhk.or.jp/news/html/20180902/k10011604431000.html

意欲ある人は36%... やりたいと思ったことがない人が58%...と少しガッカリしますが...
一方で、企業側の理解もないとなかなか難しいのかなと思います。

第２に、教育の場所について 
再教育の場所としてどこがあるのかとして考えると、

1. インターネット上での勉強
2. セミナーなどの勉強会
3. 大学、大学院に再入学

正直なところ、再教育の場所がどこであろうとあまり興味はなくて、ネットでもセミナーでも大学(院)でも...どこでもという感じ （時代によって最適なところ、その役割って変わっていくでしょうから）

ネットの勉強コミュニティはSNSの発展とともに大きくなっていくとは思いますが、
一方で、セミナーや大学(院)のような場所が必要なくなるということでもないと思います。
データ解析のようなコンピュータ上ならまだしも、実験系は直接手を動かさないとわからないことも多いですから。

第3に、大学（院）でなにを教わるのか、教えていくのか
教育の場所としての大学、大学院はどうあるべきなのか。

残念なことに（一部の）大学院では、大学院生を労働力とみなしてて教育とかをおろそかにして実験だけさせて最後に適当に論文だして終わり
みたいなところもあるようです

私個人の考えとしては、実験手技はあくまで手法として考えて、
モノの考え方、問題解決能力あたりを重点的に教えるべきだと思っています。
なので教授や指導教官が命じるように実験して、論文書いて...だと労働力としての役割でしかないので
少しずつでも自分で論文読んで、実験目的考えて、結果を考察して、教授と議論できるようになればベターかなと

そんなことを読みながら考えていました。

Progate 勉強メモ その４ クラス継承【Python編】

Pythonを勉強中。
クラス継承っていうとRPGみたいですね。

いまあるクラスを元に新しいクラスを作ることを「継承」と呼ぶ。
なぜクラスの継承が必要かと言うと
同じような機能を持つが、別のクラスが必要なとき

Progateでは、メニューの名前と価格を出すクラスを設定し、
食べ物のメニュー、飲み物のメニューを出すという機能を作るときに
食べ物用、飲み物用のクラスを継承で作成する。という例が挙げられてました。

作り方としては
class 子クラス（親クラス）:
    pass
という書き方をします。

なかのメソッドは引き継がれていますが、子クラスの方で改善することも可能。
もし親クラスと子クラスで同じ名前があったら「上書き」されます。

__init__メソッドも上書きすることができます。
親クラスと同じように書いていけばいいのですが、重複をまとめる方法として、
super().__init__(self, 引数1, 引数2 ...)
があります。

ここまででProgateのPythonは終わり。

Progate 勉強メモ その３ クラス【Python編】

ProgateでPython勉強中なのでメモ。

Pythonではクラスを定義することができる。
...このクラスってのがよくわからない....オブジェクト指向？

とりあえず作り方としては

class [class名]:
    pass

のような感じで作成、class名は最初が大文字。
インデント下げて、passというところに 処理を書く。
[class名]()　で呼び出して、変数に代入するなどのことができる。
例えば
class Menu():
    def info(self, name):
        print("オーダーは" + name + "です")

order = Menu()
order.info("バナナ")
出力：オーダーはバナナです

のような感じ。

モジュールをインポートしたときのようにクラスを扱うことができる
上記のClass Menu() を class_menu.pyとして保存したら
import class_menu
order = class_menu.Menu()
order.info("バナナ")
で同じように扱えます

毎度, class_menuとモジュール名を打つのが大変というときは
from class_menu import Menu
とすれば、
order = Menu()
order.info("バナナ") として使うことができます。

今日はこのあたりで。