2018年10月28日日曜日

マンガでわかるDocker【読んだ本の感想】

技術書典(のときに公開された)マンガでわかるDockerを読んだので感想などを。

マンガでわかるDocker
https://llminatoll.booth.pm/items/825879
https://llminatoll.booth.pm/items/1036317

少し仕事でdockerは使っていた程度で、

dockerってなに?

ってレベルからスタートだったわけです

そうしたら、わかばちゃんと学ぶGit使い方入門を書いた人がDockerの本を書くということを知り、ダウンロード購入しました。

1と2の2冊があって、
1では
バイト先でDockerを使うことになったわかばちゃん
しかし、Dockerがわからないので、PHPさんに教えてもらいながら
Dockerの基本的な操作を覚えていく

2では
Dockerを使うことのメリット
Dockerfileを作って、自分好みのイメージを作るようにする
Docker Hubで自作のイメージを公開できる
というあたりを学ぶことができます。

Dockerの本を読んでいての感想としては、
1つ1つ実際にコマンド打ちながら進められるので進めやすいというところと
あれ?ここは...?みたいなところを説明してくれる構成のわかりやすさがポイントかなと思います
これからDockerを使ってみたい!という人にはわかりやすくてオススメかと!
 
Docker自体の利点としては
Dockerイメージをpull, create, startで簡単に作れる、rmで停止、削除できる
なので、環境構築が簡単にでき、いろいろなバージョンを使うことができる

またローカル環境も汚染しないというメリットがあります
ほかのプログラム(Javaとか) との依存関係があったり、
なんだかんだやってインストールできませんでしたみたいなことがあったりするので
そこらへんもお手軽にできるのはメリットだなと思いました

バイオインフォマティクス関連でいえば、
BioContainersというdocker imageを作っているプロジェクトなんかもあります
http://biocontainers.pro/

リストをみると、おおよそ主要なツールは揃っていそうな感じ
Dockerfileを作れば、これらをもとにして自分の解析環境を作れるのかなと思いました。

まずはQIIME2とプラスアルファのツールをDockerで構築して、公開するところを目指します






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