筋トレ日記その２

早速２回目にして、筋トレした日に更新できていない 笑
き、筋トレ自体は続けてるから（震え声）

10/17
レッグエクステンション　30kg 10回 36kg 10回
レッグカール　36kg 30回
チェストプレス 35kg 40回
腹筋 30回
5kg バーベルカール（？）左右それぞれ45回
5kg リストカール 左右それぞれ40回

10/22
テニス ３時間

もうちょっと週２、３日くらいまで増やしたいかも。。。
 
10/25 体重・体脂肪率の記録
71.1kg 20.4%

QIIMEインストールのやり方

今回はQIIMEのインストール方法について書きます。

QIIMEってなあに？というと

微生物群集解析用のプログラムのことです。

次世代シーケンスで取得した配列データを処理して、どの微生物がどれくらいいるかとかサンプル同士の比較をすることができます

Quantitative Insights Into Microbial Ecology.

http://qiime.org/

QIIMEのインストール方法としてはいくつかあるのですが、

1. Macに導入する方法（macqiime）← おそらくこれが一番楽

2. WindowsにVirtual Boxを導入、環境設定を行ないインストールする方法

3. Linuxサーバーにインストールする方法

があります。

あとは自分のPCにインストールするというわけではありませんが、Amazon Web Service上でQIIMEを使用することが可能です。

Working with QIIME on Amazon Web Services EC2 

http://qiime.org/tutorials/working_with_aws.html

いまいち料金のことを理解していないのだけど、基本的には借りるサーバーのスペックとCPU使用時間によって決まるもの... とは思います

わたしはmacユーザーなので私が解説できるのは、1.2.3 ...のうち1だけです笑
2. 3 の方法についてはわからないので...

まず自分の環境から。

macOS Sierra バージョン 10.12.6
Macbook Pro (13-inch, 2016, Two Thunderbolt 3 ports)
プロセッサ　2 GHz Intel Core i5

メモリ　8 GB 1867 MHz LPDDR3グラフィックス　Intel Iris Graphics 540 1536 MB

導入するのは2017年10月時点で最新バージョンである 1.9.1です。

1. Macに導入する方法

まずXcodeをインストールします。
App Store -> Xcode で Xcodeをインストールします

つぎにQIIMEのホームページからファイルをダウンロードします
http://www.wernerlab.org/software/macqiime のDownloadから落とせます

ターミナルを起動します（Launchpad -> その他 に入ってます）
cd Downloads/
のコマンドでダウンロードしたQIIMEの tgzファイルが保存してあるフォルダに移動します（通常だとダウンロードフォルダ)

md5 MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz

のコマンドでファイルの確認をします。
＊ MacQIIME あたりまで入力して tabキー押すと、ファイル名が補完されます

MD5（エムディーファイブ、Message Digest Algorithm 5）とは、与えられた入力に対して128ビットのハッシュ値を出力するハッシュ関数である。（Wikipediaより）

要はファイルが破損していないことを確認するための手段です

ダウンロードのページに製作者が計算したMD5値があるので、違いがないか確認しましょう

つぎに
tar -xvf MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
のコマンドをうち、tgzファイルを解凍します
なにやらいろいろとファイルのリストが出力されます

※ tar: 未知の拡張ヘッダキーワード `SCHILY.dev' を無視　というエラーが出ていますが
　 無視して構いません

しばらくして操作できるようになったら、

cd MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7

とコマンドをうち、MacQIIME_ ~ のフォルダに移動します
フォルダのなかに install.s というファイルがあるのでこれを
./install.s
のコマンドで実行します

するとパスワードを聞かれます
入力しても特に表示が出ないので一瞬ビックリすると思いますが入力はされています
管理者のパスワードを入れましょう

しばらくするといろいろと表示が出て、スクリプトが終了します
通常であれば、ここで "macqiime" とコマンドを打つと、QIIMEが起動します

OS 10. 11 (El capitan) 以降の mac OS では少しセキュリティ上の仕様が変わっていて
/User/bin フォルダへのインストールができなくなっています
そこで、
sudo cp scripts/macqiime /usr/local/bin/macqiime
sudo chmod a+x /usr/local/bin/macqiime 
のコマンドでコピーし、アクセス権を変更します
そうすると macqiime のコマンドでQIIMEが起動します

起動するとこんな感じの画面になります

動作確認をするために、 解析スクリプトのヘルプを表示することと、QIIMEの環境設定を表示することをやってみましょう

align_seq.py -h
とコマンドを打つと、配列のアライメントを行うためのスクリプトのヘルプが出力されます。
＊ほかのスクリプトでも -h の引数をつけてコマンドを打つと、ヘルプが出力されます

ほかには、QIIMEの環境設定（プログラムのインストールの有無、バージョン）を出力するスクリプトもあります
print_qiime_config.py
とコマンドを打つと、環境設定が出力されます。
＊プログラムが動かないときなんかはこの結果があると原因がわかりやすいです

ここまでの画面が出力できたら、QIIMEのインストールは大丈夫...なはずです
プラスアルファでインストールできるプログラムはいろいろとありますが
基本的な解析をするには問題ないはずです

ただ。。。ここまで書いておいてアレですが
QIIMEっていまバージョン２へのアップデート中なんですよね、、、
つぎのQIIMEの解析についての記事書かないうちにバージョン２のインストールの記事書くなんてことないようにしないと。。。

筋トレはじめました

ちょっとおもうところがあって筋トレを始めました。

理由としては
大学院に入ってから（というか大学の部活をやめてから）体重がかなり増えてること
最近出た健康診断の数値が悪くなってきたこと

要は運動不足で体がやべーことになってきてるから本格的にやばくなる前に対策をしておこう！ということです
（仕事柄、座っていることも多いですから）

で、なぜわざわざブログに書いているかというと

単純に筋トレやった履歴や体重等を記録しておきたいから
言語化することによっていい面悪い面などに気づけるから
同じように筋トレしてる人と情報交換したいから
ここで宣言することによって退路を断ちたいから

という狙いがあります

１週間ほどやってみて気づいたこととしては

時間があったら行く、くらいだと行かない
時間が空いたら...とかだと行かない。
時間を決めてそこまでに仕事を終わらせるようにする。
もし終わらないなら仕事をそこで切り上げる

時間が短くても意外と汗はかくもの
単純に体力が落ちたからという説もありますが... 30分とかでも汗はかくし
やはり運動すると気持ちがスッキリします

というわけで今日から正式に筋トレを始めることを宣言します

10/12 (木) の記録
72.9 kg 体脂肪率 23.5 %

博士号を取るということはどういうことか

最近、社会人になってから大学院に入って博士号を取ろうという人、取ったという人によく会います。

自分自身もそうですけど、
博士号を取るというのはどういうことか？どういう人に与えられるのか？
と考えることが多かったです。

そういうときに出会ったのが以下の記事

The illustrated guide to a Ph.D.
http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures/

簡単に紹介すると、
まずなにか紙でもなんでも丸をかきます

 この丸は全人類は持つ知識の範囲です
それで小学校、中学校を卒業するとその知識が青い部分まで少し広がります

高校を卒業する頃にはさらに知識が緑色の部分まで広がります

大学を卒業して学士の学位を得ると知識がピンクの部分まで広がり、
専門的な勉強もするので、専門性も深くなって少し人類の知識範囲の限界に近づきます

修士の学位を得る頃にはさらに専門性を深めて、赤色の部分まで知識が到達します。

その後、研究論文を読んでいくと、人類の知識の果てに辿り着きます。

でその境界を拡大するとこんな感じになる

 研究を数年続けていくと、ある日、その境界を広げることができます

このポコっと突き出たところ、それをPh.D (博士号) といいます

人類の知識の範囲は少し大きくなりました
ずっと広げ続けることを忘れてはいけません

この話で重要だと思うのは、
知識の境界をちゃんと知って、そこを広げるような研究テーマを自分で設定するということ
また博士課程では、そういうことが出来るようになることが目標ということ
研究でわかったことの成果の大小は博士号とは関係ないということ
かなと。

よく言われることだと思うけれど、博士号って車の免許を取ったくらいだと思うんですよ
研究のやり方とかを覚えて、自分でできるくらいのイメージ

だからアカデミアにしても、民間に就職するにしても、博士のときのテーマと似た分野にこだわる必要はないし
だからこそ新しい場所や他の分野とかに行ったときでも通用するようなスキルが必要になります

指導教官とかにテーマを与えられて、黙々と実験して、言われるまま論文書いて卒業とかだと後が続かなくてつらいだろうなぁ... と思うわけで
逆に言うと、勉強のやり方をしっかりしておけば
多少分野が違うところに行って、新しいことを始めるときでもなんとかなるんじゃないかと思うわけです

フレイルと運動と食事と

 Yahooニュースにこんな記事がありました

高齢で活力衰える「フレイル」、国内２５０万人が該当か
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170918-00000017-asahi-soci

厚生労働省研究班の報告書によるとフレイルとは「加齢とともに心身の活力（運動機能や認知機能等）が低下し、複数の慢性疾患の併存などの影響もあり、生活機能が障害され、心身の脆弱性が出現した状態であるが、一方で適切な介入・支援により、生活機能の維持向上が可能な状態像」
とされています。

要は運動機能、認知機能が低下して生活する力が少なくなっている状態ということです

対策として「フレイルの人が元気を取り戻すためには、肉類も含めてしっかり食べて日常的に運動をするほか、社会活動に積極的に参加することなどがすすめられている。」
とあります

肉類をしっかり食べるということは筋力の維持に大事です
生物というのはつねにタンパク質を分解しつつ、一方でタンパク質を合成しています
なのでタンパク質、肉類をちゃんと取ることが大事です

日常的な運動、社会活動への参加はすることによって筋力を維持するということでしょう
よくテレビとかでいるマラソンやったり農作業しているおじいさんおばあさんはそんな年齢に見えないくらい若いこと多いですよね

でもあれって
運動や社会活動しているから若々しく健康のか
若々しく健康だから運動や社会活動を続けられてるのか
どっちなんでしょう

どちらにせよ若々しく、健康でいるために日常的な運動は続けようと思います

博士号取得者の就活情報まとめ

これから博士号とるよって人や博士号をとってポスドクしてる人に向けて
アカデミアにしても民間企業にしても就職情報を集めるのにいいサイト（自分が使っているサイト）をまとめてみました。
（2017年11月14日更新しました）

イノベーション創出を担う研究人材のための キャリア支援ポータルサイト
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekTop

科学技術振興機構（JST）が運営するポータルサイト
アカデミアのポジションやテクニシャンの募集もあるし、民間企業の募集もある。
マイナビリクナビのようなサイトより研究職の募集が多いし使いやすいのでは

キャリア支援（ビジネス人材育成センター）
http://www.aip.nagoya-u.ac.jp/graduate/career/

名古屋大のキャリア支援です。
名古屋大の...とは言っても所属が名古屋大でなくても登録できます（状況が変わっていなければ...）
個別面談だけでなくセミナーや交流会もあります

博士情報エンジン wakate
https://ssl.phd-engine.net/wakate/

J-recinと連携し、民間企業の若手対象非公開求人情報の提供をしているサイトです
卒博士対象もしくは学位取得後1～2年の方対象ということなので中身は見ていませんが役立つと思います


 博士情報エージェントPh.D. AGENT
 https://ssl.phd-agent.net/

株式会社エマージングテクノロジーズが運営するポータルサイト
j-REC-INとは違ってアカデミアのポジションはあまりなく、民間企業の募集が中心
博士・研究職コンサルティングもやってくれる

 博士人材のための逆求人型就活サイト OfferBox Ph.D.
https://phd.offerbox.jp/

株式会社i-plugが運営する2017年8月31日にリリースされた就活サイト
まだほとんど使っていないので中身がわかっていませんが、
プロフィールを書いて興味持った企業からオファーがきたり、こっちからオファーしたり？というサイトの様子

Linkedin
https://www.linkedin.com/

LinkedInというSNS、自分のプロフィールを書いたりして人材交流をする...というサイト
必ずしも交流ばっかりじゃなくていろんな企業が募集をしていてそこに応募できる。
iOSアプリにLinkedIn求人というアプリもあって日本だけじゃなく海外の募集も見れる。
どちらかというとアカデミアより民間企業志向？

もしこんなサイトがあるよとか情報ありましたらコメントしてくださると嬉しいです

納豆菌は最強で甘く見ない方がいい（らしい）

少し前に納豆菌に関してこんなニュースが出てました
「納豆菌が強すぎて、納豆厳禁の職場がある」「宇宙空間でも死なない」　ネットに広がる“納豆菌最強伝説”はどこまで本当？
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20170915-00000003-it_nlab-sci

微生物学を学んだ人なら納豆菌（というかBacillus属）の強さはよくご存知でしょう。

とくに芽胞とよばれる状態になるとエラく強い状態になります。
オートクレーブ滅菌（121度、２気圧で２０分ほど熱をかけて微生物を殺す） でも生き残ることがあって、
１度オートクレーブ滅菌をして、しばらくしてからまたオートクレーブ滅菌をするという方法があるくらいです
このことは納豆作るのとは無関係ではないです
納豆がワラに包んである絵がよくありますが、これはワラについてる納豆菌を使って発酵させるため、包む前にはワラを煮沸消毒することで納豆菌以外の菌を殺して芽胞を目覚めさせるためと言われてますね

食品系で納豆が御法度になるのはこの耐性の強さがあるからでしょう
（銀の匙でもチーズ作りのときに前日に納豆食べたか聞いていましたね）

繁殖力もあげられてますが、納豆菌が３０分に１回分裂するのに対して
清酒を作るのに使う酵母は２〜２.５時間に１回分裂
乳酸菌は１時間に１回分裂
なのでだいぶ納豆菌は分裂早いですね

たった３０分くらいの違いでしょ？とおもうかもしれませんが微生物は倍々で増えていくのであっという間にものすごい数の差がつきます

最強と言われて話題になっている納豆菌ですが、すでに納豆菌が最強で甘く見ない方がいいというのを指摘していた人がいます。
それは堀川さんのこのネタ記事です。

みんな納豆菌を甘く見ない方がいい
http://horikawad.hatenadiary.com/entry/20111101/1320152177

もう一度言う。みんな納豆菌を甘く見ない方がいい。
http://horikawad.hatenadiary.com/entry/20120401/1333235687

どうやら納豆菌たちはいろいろと画策をして人間に自分たちが無害ということを教えているようである
そしてこの記事によると自分はもうダメなようである
わたしは大の納豆好きで朝と夕に１パックずつ食べているのである

しかし日本酒焼酎好きで納豆好きなわたしはどうすれば...